随着新农合保障制度的不断完善，原有的按项目付费不足逐渐凸显。江苏省东海县自2012年开始在部分乡镇试点“门诊乡村两级门诊总额预付制度，住院实行按疾病分组床日付费”的混合支付方式改革。2013年，该项改革在县乡两级医疗机构全面实施，使医药费用不合理增长得到了有效控制。
江苏省东海县卫生计生委副主任陆学亲介绍，改革前，该县医疗机构和医务人员受利益驱动，大处方、过渡医疗情况频出，医疗费用不合理增长过快。合管办人员编制不足、参合人员基数大，工作量大，监管无法到位，基金支出存有较大隐患，“如何促进医疗机构合理治疗、合理用药、合理检查，不断提升医院管理水平，保障基金安全，提升参合群众的实际受益水平成为卫生行政部门在医院管理工作中的重点和难点。”
东海县新农合支付方式改革实行乡村两级门诊总额预付，住院按疾病分组床日付费。其中，门诊总额预付是根据乡镇参合人员基数，结合门诊就诊人次均值，考虑增长系数，确定各定点医疗机构和全县预计门诊就诊人次基数；以各类别医疗机构每诊次门诊基金支付标准，计算出各定点医疗机构门诊总额，村级医疗机构门诊总额由乡镇卫生院统一管理，实行一体化管理。住院实行按疾病分组床日付费，对科室内疾病的种类进行分组，病人出院后按实际发生费用和规定补偿比与医疗机构结算，经办机构以实际住院天数和付费标准与医疗机构进行结算。
按疾病分组床日制度的实施，有效地解决了基金入不敷出的困境，住院费用不合理增长得到有效控制，实现了医、患、管三者共赢。对于农民来讲，所有住院费用都纳入补偿范围，降低了自付费用，提高了实际补偿比。以县医院妇产科剖宫产分娩为例：2015年次均8673元，合管办按床日标准基金支出4130元，患者自付3021.9元，医院因超标准需垫付1521.1元。2016年严格考核后，目前次均费用降为6332元，基金支出未变，仍为4130元，患者自付降为2319.6元，医院因床日净节余117.6元。
“对新农合经办部门来讲，从过去审核病历、处方为主的工作职能，向监督、检查、指导、调研综合服务职能转换，降低管理成本。对医院来讲，可以作为内部改革的一个有力抓手，改变运行机制，建立更为合理的激励机制，提升医疗服务质量。”陆学亲说。
